一是流通领域条块分割，缺乏统一的管理。长期以来，我国贸易分为内贸与外贸，这种体制适应了我国计划经济的要求，虽然在长期短缺经济和封闭经济条件下，这种体制发挥了重要的作用。但是，随着我国改革开放的深入，这种体制的弊端越来越显现出来，它严重桎梏和阻碍着全国统一的市场经济的发展。同时我国国内贸易也处于条块分割的状况，农产品、工业消费品、生产资料、再生资料、生活性服务、生产性服务、信息服务等商品流通相互分割，政府流通职能部门分割，形成商品流通领域11个部门分管，没有一个主导的流通宏观调控部门，不利于统一、开放、竞争、有序、安全的市场体系的形成，也不利于统一的现代流通产业发展。
二是流通组织结构不合理，呈现小散乱弱的状况。（1）流通企业规模相对较小且松散。我国流通产业中小企业所占比例为99%以上，企业规模呈现小、散、乱、弱的状态，企业扩大规模的方式主要是单体扩张，限制了企业规模的发展，同时也导致了产业集中度低。而国外流通企业大多采取连锁经营的方式来扩大企业规模，我国连锁经营规模仅占社会消费品零售总额的10%多一点，需要大力发展连锁经营。（2）流通企业之间关联性差，组织结构松散。发达国家的流通企业间关联性主要体现在企业所有权的集中度较高，大企业通过参股、控股乃至收购等手段，以资本为纽带，把大量中小企业纳入自己的协作范围，以一个大公司为核心，组建规模巨大的企业集团，形成稳定的市场供应链。而我国企业之间的市场联系仅仅局限于简单的供求关系，且缺乏“长期交易”行为，不同的行业、企业、地域之间条块分割、地区封锁，导致企业组织结构松散。（3）流通网点分布不合理，组织结构差异性较大。20世纪90年代以来，从国外引进的超市、折扣店、大卖场等新型业态主要集中在少数行业和东部沿海大中城市，经济不发达的中西部地区相对滞后，使流通产业发展显得不均衡。
三是流通产业信息化程度较低。（1）流通产业的信息水平较低。在计算机和网络时代，我国许多流通企业的信息建设相对滞后，许多企业的信息尚处于起步阶段，技术装备不足，人才缺乏且结构不合理。主要表现为：信息管理机构不健全、信息管理不规范、信息处理和传输手段落后、信息工作人员技术素质低等。（2）信息化投入不足。目前我国流通企业用于信息技术和装备方面的投资仅占总资产的0.3%，而美国已经达到10%以上，相比较差距较大。（3）网络营销不充分。目前80%的流通企业从形式上都接入了互联网，但大多数企业只是在网站上建立了一个网页而已，没有充分利用网络资源；绝大多数大中城市都普及了POS系统，但没有充分发挥信息管理功能。
四是流通经营方式落后和观点落后。许多流通企业主要采取低价竞争策略，许多先进的经营方式没有采用。如远期交易、期货交易、代理经营、信用交易、网上交易、租赁经营、物流配送、连锁经营，以及多种现代流通科技发展还很不够。许多流通企业缺乏以顾客为中心、参与市场竞争、注重企业形象等经营理念，而这却是21世纪市场竞争最需要的。
五是流通国际化程度较低。改革开放以来，虽然我国餐饮业、批发市场走出国门，但是我国大型流通企业“走出去”参与世界竞争的较少，个别走出去的零售企业还具有某种政府行为，因此效果并不很好，流通企业应按市场经济规律走出去，参与国际市场竞争。在内外贸行政管理机构合并后，许多国内贸易企业还没有充分利用外贸企业的国际销售渠道优势，参与市场竞争。
六是流通产业在加快经济运转方面的作用没有充分发挥。我国流通企业资金周转率较发达国家相比差距较大，据资料表明，2003年我国大型流通企业流动资金周转速度仅为2.3次，而发达国家流通企业资金周转速度达到20次以上。2005年全国商品库存1.8万亿元，累计在3万~4万亿元，其中流通企业的库存也在增加。社会库存大量增加，增加了产成品资金占用和经营成本，导致企业效益下滑；相互欠款和呆坏账增加，导致社会资金周转速度下降。
七是中国离贸易强国的距离较大。我国是制造业能力较强，是世界制造业中心，但交易能力、定价能力较弱，不是贸易中心、营销中心、采购中心、物流中心。因为我国处于“微笑曲线”低端，加上流通力较弱，只能拿到一小部分利益，在国际交换中处于分工的低端。从出口来看，我国现已是出口大国，但是不是出口强国，没有出口价格的定价权。